3 phân loài của trăn gấm đã được đề xuất,[14] tuy nhiên chúng chưa được công nhận bởi Hệ thống thông tin phân loài hợp nhất (Integrated Taxonomic Information System - ITIS). Màu sắc và kích cỡ của chúng có thể thay đổi nhiều tùy theo mô tả của các phân loài. Phân bổ địa lý là yếu tố quan trọng để thiết lập nên một phân loài trăn gấm, vì mỗi phân loài được đề xuất có một vùng phân bổ địa lý rất khác nhau.

• P. r. reticulatus, Schneider (1801) - được gọi tắt là "retics" trong cộng đồng những người chăn nuôi bò sát.
• P. r. jampeanus, Auliya et al. (2002) - trăn gấm lùn Kayaudi hay trăn gấm Jampea, có chiều dài bằng một nửa bình thường,[15] hay theo Auliya et al. (2002) thì không dài quá 2 mét.[14] Found on Tanahjampea in the Selayar Archipelago south of Sulawesi. Closely related to P. r. reticulatus of the Lesser Sundas.[14]
• P. r. saputrai, Auliya et al. (2002) - trăn gấm Selayer. Được tìm thấy ở đảo Selayar tại quần đảo Selayar, nằm kế bên Sulawesi. Phân loài này đại diện cho nhóm chị em của tất cả những quần thể trăn gấm được nghiên cứu.[14] According to Auliya et al. (2002) it does not exceed 4 m in length.[14]

Hai phân loài sau là sản phẩm của hiện tượng lùn hóa trên đảo. Quần thể trên quần đảo Sangihe dường như chính là một phân loài khác có vai trò là nhánh gốc của nhánh P. r. reticulatus và P. r. jampeanus, tuy nhiên điều này chưa được mô tả một cách chính thức.[14]

Các phân loài dalegibbonsi, euanedwardsi, haydnmacphiei, neilsonnemani, patrickcouperi and stuartbigmorei[16][17] chỉ mới được đề xuất chứ chưa được chấp nhận rộng rãi.

Một nghiên cứu phân loài học của trăn gần đây[18] cho kết quả rằng, có khả năng, trăn gấm lẫn trăn Timor là hai họ hàng gần gũi hơn của các loại trăn Á-Úc so với các thành viên khác của chi Trăn, vì vậy chúng nên được xếp vào một chi riêng là Broghammerus.